Jo s tim jsem mel taky problemy. Zalezi jestli mas virtualni domeny a hlavne jak mas u nic nastaveni logovani(u apache je to polozka Customlog), jestli vsechno do jednoho souboru nebo pro kazdou domenu zvlastni log. Jestli vsechno ukladas do jednoho logu staci editovat /etc/awstats/default.conf a nastavit hodnotu logfile. Pro vygenerovani statistik pak staci napr.
/usr/lib/cgi-bin/awstats.pl -output -config=default.conf > /var/www/statistiky.html
Jestli mas logy ve vice souborech tak napis udelal jsem si na to nejaky skriptik tak bych ti ho poslal.