Systémová nastavení jsou v adresáři /etc - např. fstab
Uživatelská nastavení jsou v adresáři /home/{uživatel}/ a jsou to soubory začínající tečkou - např. záložky prohlížeče
Tyto adresáře si zazálohuj a po nové instalaci nakopíruj na nový systém to, co potřebuješ. Výhoda je, že konfiguráky jsou vždy textové soubory, tak se do nich můžeš i podívat.