Podobný problém. Možno pomôže moje riešenie.
Mám dva disky, jeden SATA (master) a jeden IDE (slave). Pri inštalácii v časti kam sa má inštalovať grub je položka "advanced" kde sa určuje kam sa má zapísať. Neinštalujem do hlavného záznamu, tam mám zavádzač XOSL ale na jednotlivé partície. Grub čísluje od nuly, teda tretia partícia je napríklad (hd0,2) alebo (hd1,2) čo sa mi zvyčajne podarí. Z neznámych dôvodov ale mám vždy po inštalácii prehodené hd0 a hd1 a potom cez live distribúciu (alebo z iného linuxu z inej partície) opravím v boot/grub/menu.lst všetky záznamy hd0,x na hd1,x a naopak hd1,x na hd0,x. Prečo to tak je neviem, ale keďže sa to robí iba raz ...