No raději než pracovat pod rootem bych ti doporučil změnit nastavení na www root, můžeš ho hodit klidně k sobě do home, pokud to budeš používat jen jako vývojové prostředí, může to být dobrá volba.
Stačí si vytvořit novou konfiguraci ve složce /etc/apache2/sites-available/localhost a napsat do toho souboru něco jako:
NameVirtualHost *
<VirtualHost *>
ServerAdmin webmaster@localhost
DocumentRoot /home/<<user>>/www/
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride None
</Directory>
<Directory /home/<<user>>/www/>
Options Indexes Includes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ErrorLog /var/log/apache2/error.log
# Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
# alert, emerg.
LogLevel warn
CustomLog /var/log/apache2/access.log combined
ServerSignature On
</VirtualHost>
A pak tu konfiguraci aktivuješ:
cd /etc/apache2/sites-enabled
sudo ln -s ../sites-available/localhost .
sudo apache2ctl restart
to ti vytvoří www server v ~/www, kde už můžeš pracovat se soubory jako normální uživatel.
Ještě mě napadá že než budeš restartovat apache, musíš mít tu složku vytvořenou, jinak to asi hlásí chybu.