Podobný problém, vždycky musím přepnout na USA klávesnici a ta píše česky, jako zrovna teď . Myslím, že se to stalo po instalaci nových ATI ovladačů.
xorg.conf
Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "cz"
Option "XkbOptions" "lv3:ralt_switch"
EndSection