Stalo se mi zřejmě něco podobného - po upgradu nejde nautilus. Projevuje se to tak, že zmizí ikony z plochy, místo prohlížeče souborů se mi spouští Správce archivů, který vyhodí hlášku, že daný typ není podporován, po posledních aktualizacích už se nepouští ani ten - po kliknutí na jakoukoliv složku (třeba v menu Místa) počítač neudělá nic. Kdysi dávno jsem tuším nautilus kompiloval, ale už jsem pár měsíců opět používal verzi z repozirářů - bez problémů.
nautilus: error while loading shared libraries: libgnome-desktop-2.so.2: cannot open shared object file: No such file or directoryPomohl jeden z následujících kroků (nevím který):
1, Odinstalování zkompilovaného nautilus - pomocí make uninstall z adresáře odkud jsem ho instaloval (že bych to kdysi dávno neudělal?

)
2, Přeinstalovávní balíků s nautilem souvisejících, nautilus, nautilus-data, nautilus-...