Mě teda repozitáře nevyhovují a beru je jako nutné zlo
Pokud není program co chci v repozitářích, které mám, nastává problém zjistit, v kterém jiném je. V obou případech pak nemám vůbec zaručeno, že v repozitáři je aktuální verze. Často tak stejně lezu na stránky výrobce sw a kontroluji. Takže ve výsledku mi instalace trvá déle, než kdybych šel rovnou na stránky výrobce a nainstaloval balíček (např. netbeans) - a to vůbec nemluvím o tom, že ručně si mohu stáhnout jen to co mě zajímá, třeba verze pro vývoj php má 25MB, kdežto v repozitáři je celý balík velikosti stovek MB.
O té bezpečnosti si myslím svoje, jednoduše nevěřím, že před přidáním do repozitáře se zdrojový kód každého sw projíždí řádek po řádku a i kdyby, chyba se nevyloučí (viz třeba chyba v ovladači, co mohla poškodit síťovku e1000). Navíc je zde problém s repozitáři třetích stran (jak už zmínil pim), nad kterými stejně distribuce nemá kontrolu co obsahují.
Celé mi to přijde jako původní myšlenka na oddělení nastavení do /home partition: záměr vynikající, zůstanou mi nastavení po reinstalaci, ale z praxe se spíš ukazuje, že to nefunguje ideálně a nastavení je lepší při reinstalaci smazat.