Tak za pomoci -
gedit ~/.config/compiz/compiz-manager
a přidání řádku SKIP_CHECKS=yes
to opravdu funguje. Nicméně chová se to trošičku divně, případně hodím edit, kdyby to bylo něco zásadního.
EDIT: Tak jsem to opětovně zakázal, systém se zdá nestabilní a velmi divně zpomalí, takže nedoporučuji.