Pokud to děláte v konzoli, před příkaz dejte sudo a půjde to, tj. sudo cp odkud kam. Z Vašeho dotazu ale soudím, že nejprve v konzoli napíšete sudo -i, pak spustíte nautilus a kopírujete... No, tak to ale nefunguje. Zadání sudo -i Vám nedá práva pro celý systém, ale jen spustí root konzoli, tj. musel byste příkazy zadávat v té root konzoli. Myslím, že pro Vás bude nejlepší spustit si Nautila s právy superuživatele pomocí gksudo nautilus a v něm to normálně přetáhnout. Ale pozor, v tomto nautilovském okně můžete úplně vše!