Ak sa nemýlim, rozdiel je len v predinštalovaných balíčkoch, odober balík ubuntu-desktop ( s ním sa odinštaluje celé GNOME ) a nainštaluj veci, ktoré potrebuješ na server (tie pravdepodobne máš, keďže PC už na tieto účely používaš). Repozitáre by mali byť rovnaké.
Získaš tak čistejší systém, menší objem balíčkov na aktualizáciu a viac miesta na disku.