Podívej se do skrytého adresáře ~/.local/share/applications/. Pokud tam najdeš nějaké .desktop soubory, v jejichž názvu je jméno aplikace, kterou nepotřebuješ/už nemáš, tak je přesuň jinam/vymaž.
Nebo tu dej výpis souborů z toho adresářels ~/.local/share/applications/