Zvláštní. Mně to vždy zůstává, jak to nastavím. (A vím to, protože píšu na klávesnici Dvorak a tam se rozdíl oproti qwerty opravdu projeví.)
1) Ověř, že nastavení klávesnice je pro všechna okna najednou a ne jen pro aktuální okno.
2) Zkus založit nový účet na pokusy a ověř, zda se to chování projevuje i v něm.
3) Jinak nevím.