Na kvalitních VŠ se učí převážně UNIX (Linux moc ne, pravda).
Kvalitní ucelené zdroje jsou poměrně vzácné. Pro BASH (což je základ a i když je trochu upozaděn, tak se kolem něj vše točí) bude velmi dobrá tato kniha:
http://www.yq.cz/SvP/Až budeš rozumět shellu, tak se můžeš začít orientovat v konkrétních věcech - třeba v bezpečnosti. Hodně najdeš na netu, když hledáš konkrétní téma (např. firewall). Pokud si z Prahy, Brna či okolí, tak bych se vysral na školení (pokud ti nejde o nějaký papír) a chodil na VŠ přednášky (veřejně přístupné) na MFF UK, ČVUTu či obdobách v Brně. Na MFF UK je to:
1) Úvod do Unixu (viz předchozí kniha, přednáší jí autor).
2) Administrace Unixu (Zde se učí nastavení serveru etc.)
Nebude to tak HOW TO, jak v komerci, ale bude to kvalitní základ.
Když přesáhneš jistou mez, tak začneš každý den objevovat nové věci pouhým používáním. Vše má svůj důvod.