Mám starého Garmina Etrex a stahuji z něj prošlé trasy pomocí gpsbabel. Konkrétně přes sériový port:
gpsbabel -i garmin -f /dev/ttyS0 -o gpx -F waypoints.gpx
psbabel -t -i garmin -f /dev/ttyS0 -o gpx -F track.gpx
Ty máš zřejmě větší nároky, ale i ty by měl gpsbabel zastat. Existuje i gpsbabel-gui.