Take zdravim a připojuji se stejným, nebo podobným problémem. U mě je to též s Unity, resp. Compizem. Při nastartování systému je vše plynulé, ale po určité době práce (10 - 20 min) se začne velmi výrazně projevovat. Při kliknutí na neaktviní okno trvá i 2s než se stane aktivním. Pokud chci neaktovní okno přesunout, chytnu jeho rám a pousunu kurzorem, tak se opět asi dvě vteřiny nic neděje a poté se okno objeví tam, kde se přesunul kurzor. Rovněž jsem si všiml, že pohyb s okny a efekt prepinani pracovni plochy zatěžuje procesor. To se mi s compizem v Ubuntu 9.10 na stejném stroji nedělo. Tam nechal zřejmě všechno na grafické kartě.
Děkuji za jakoukoli radu