Nejsem si jist co přesně požadujete. Myslíte jako aby při spuštění nějaké aplikace (aktuálně je jedno jaké) bylo vyžádáno speciální heslo?
Pokud se nejedná o aplikaci která startuje se systémem, nebo jinak stále běžící aplikaci, tak bych si přejmenoval její spustitelný soubor a dopsal script třeba v pythonu, který by mi zobrazil okno s dotazem na heslo. Teprve ten by zavolal přejmenovaný spustitelný soubor. Dokud se někdo nepodíva do /usr/bin/ tak na to nemůže přijít a bude tedy vždy muset zadat heslo.
Doufám že máte na mysli tento případ.