Zdá se, že nové KDE nechce respektovat obecná nastavení pro systém. Pak je jediná možnost vnutit mu to v konfiguráku, ale to ti je stejně na houby, protože to prostředí zase přepíše. A pokud to vnutíš příkazem "setxkbmap" přímo X serveru už s tím na uživatelské úrovni nic neprovedeš.
Nevím jak KDE, ale GNOME automaticky po startu nastaví rozložení které je v seznamu první, pokud tedy nemá nastaveno jinak