Také jsem měl problémy s kopírováním. Zkopíroval jsem v Ubuntu nějaké složky na Flash (NTFS) a ve Windows, na rozdíl od Ubuntu, jsem je tam neviděl. Pak jsem zjistil, že se, zatím neznámých důvodů, nakopírovaly jako skryté a systémové soubory. Podívej se na ten disk s nastavením Zobrazovat i skryté soubory, složky a jednotky v Ovladací panely -> Možnosti složky -> Zobrazení. Třeba to pomůže.
Proč se to stalo jsem zatím nevypátral.