To se mi úplně nezdá, protože apache nezpracovává php.
Ten jen předá požadavek ke zpracování buď modulu (který není součást apache, instaluje se s php), nebo jej předá CGI, což je zase jen php interpret, který vše zpracuje a výsledek předá apache, který to naservíruje klientovi.
Tedy spíše bych si tipl, že někde v konfigu apache (to lze direktivou) byla explicitně fce include() zakázaná.