d0N0: s alternate nemam skusenosti (mozno niekto iny).
Ale ja by som uplne odpojil ten Windows disk (samozrejme pocitac musi byt vypnuty ked sa odpaja kabel od disku) a potom tam nainstaloval desktop s tym, ze sa GRUB zapise do MBR toho Linux disku.
Potom zase vypnut pocitac, zapojit Windows disk (predpokladam, ze je to z pohladu BIOSu ten hlavny disk). Pri boote sa potom nacita MBR Windows disku, takze ten GRUB na tom druhom vadit nebude.
Nasledne si na Wiki pozriet ako sa obnovuje GRUB, mozno to pomoze aj s jeho instalaciou na disketu, kazdopadne na tom druhom disku v /boot budete mat aspon referenciu ako to ma cca vyzerat na tej diskete.
Pripadne po odpojeni Windows disku by vam to malo umoznit nabootovat ten Linux, co sa mozno tiez bude na zaciatok hodit, ked bude nejaky problem s tym bootovanim z diskety.
Nebal by som sa az tak toho GRUBu, pokial bude Windows disk uplne odpojeny pocas instalacie (takze na nom Linux instalator nemoze nic zmenit). A ak to bude nahodou blbnut, mozete kedykolvek jednoducho Linux disk zformatovat a dostat system to povodneho stavu.