Pokud máš home na samostatné partišně tak ho ani nemusíš zálohovat, při instalaci stačí zvolit "ruční rozdělení", swap necháš, to kde jsi měl / zformátuješ a nastavíš mount point na / a to kde máš home nastavíš mount point na /home.
Vždycky jsem to takhle dělal a nkdy se mi nic na home nesmazalo.