Defragmentujte čím chcete - to je na Vás.
Pro Linux udělejte ideálně toto:
Pro systém tak do 10 GB - Ext3 (ale může být i Ext2)
Pro swap - něco jako náhrada ram - do 1 GB - swap
Pro data - zbytek - Ext3(2) toto však může být spojené se systémem, ale je určité dobré si oddělit data od systému.
Pak při instalaci, nainstalujete do těch 10GB systém přidáte mu toto / - to tam někde najdete při rozdělování
a pak už jen pro data přidáte toto home - domácí složka, swap zůstane swapem.