Třeba příkazem:
mv ~/.wine ~/.wine.old
Jak je to s těmi programy, to si moc nejsem jistý, ale v té složce se ukládá myslím i registr a když jej vlastně smažete, podle mě většina programů přestane fungovat... No, zkuste to... Případně zpět to můžete dát tahle:
rm -rf ~/.wine
mv ~/.wine.old ~/.wine