Pokud nechcete zobrazovat tu ikonku, musíte Operu spouštět s parametrem -notrayicon, takže takto:
opera -notrayicon
Případně si to můžete upravit v menu nebo přímo v /usr/share/applications/opera.desktop
Jinak k tomu panelu - zkuste ho o pár pixelů zvětšit, aby se to tam vešlo.