Mám zkušenosti se správou CS serveru, ale s instalací ne... Správa je jednoduchá:
v /etc/init.d se vám vytvoří položka hlds (nebo jiná, jak budete chtít), kterou budete moct nastavit základní věci serveru jako port a tak... Potom v umístění, které si zvolíte, přibyde adresář hlds (nebo jiný, záleží na vás), ve kterém v adresáři cstrike už můžete nastavit interní věci serveru (respawn time, friendly fire, ...)