Ty příkazy píšeš do terminálu, poznáš to podle toho, že tam dáš nějaký skript a když bude fungovat, tak to pracuje;)
Někde jsem na wiki četl, že když budu otvírat např. nautilus úpomocí sudo a ne gksudo, nemusí se mi vůbec načíst systém. Radši prověřené gksudo než sudo, o kterém nevíme, co se ještě můžs stát...