No když máš zaškrtlou položku zapamatovat při vypínání, tak se ti uloží všechny běžící aplikace, které se po restartu znovu automaticky spustí. Když není odškrtlá, nepamatovat, tak se spustí jen ty aplikace, které jsou přidané do spouštění po startu - viz. tvůj obrázek.
S tím, že Skype není z repozitářů, to nemá vliv.