Slyšel jste špatně. Operační systémy založené na linuxovém jádře používají vlastní spustitelné soubory, které nejsou shodné s těmi z Windows.
Rozhodně není program, který by takové soubory blokoval. Naopak existuje
software, který překládá systémová volání z Windowsových do Linuxových a tedy do značné míry dovoluje spouštět Windows programy v prostředí Linuxu. Ale v první řadě doporučuji vyzkoušet nativní linuxové aplikace, ovšem za předpokladu, že jste ochoten přijmout fakt, že jsou to jiné programy než na Windows.
Na adrese
http://wiki.ubuntu.cz/ naleznete spoustu informací, doporučuji v první řadě hledat informace tam.