Jo pokud máte zaplý Compiz je to tím. Nainstalujte si (pokud nemáte) balík compizconfig-settings-manager
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
a pak spustě Systém -> volby - advanced desktop effect settings a najděte si tam General compiz options -> pak záložku Focus a raise behaviour -> a tam je položka Focus prevention level a tu dejte na Low
. Vím, že tohle je jedna z věcí, která to dělá pokud to není ono zkoušejte dále.