Váš certifikát není podepsán žádnou certifikační autoritou (za což se slušně platí), takže to bude zřejmě hlásit pořád, ale předpokládám, že to půjde přeskočit. IE moc neznám, ale např. Firefox 3 umožňuje přidat pro takovýto certifikát výjimku, a pak pokaždé neotravuje.