V options by to být mělo to není, ale každopádně to je v konfiguráku.
gedit ~/.glest/glest.ini
No a stačí předpokládám přepsat "Windowed=1" na "Windowed=0" (samozřejmě bez uvozovek).
--
A jsou tam i další věci, pojmenované vcelku intuitivně jako nastavení rozlišení, obnovovací frekvence...