Zrovna jsem řešil stejný problém, protože jsem si několikrát rozhodil při pokusech xorg.conf.
Psaní nesmyslů vyřešil kód přidaný do xorg.conf uvedený výše ve vláknu.
Rozložení USA po startu systému, resp. přehozené značky "čes" a "usa" jsem vyřešil smazáním usa rozložení a jeho znovu přidáním v systém-volby-klávesnice,
tak aby cz bylo na prvním místě jak v nastavení systému, tak v xorgu.