S tím Synapticem a otázkou jak odstranit úplně.
V Synapticu si najdeš program, který jsi nainstaloval (nedoporučuji odinstalovávat ty co jsou v defaultu) a dáš úplně odstranit. To odstraní komplet balík, ale můžou zůstat nějaké nepotřebné závislosti, které se ti zobrazí v sekci, když vlevo dole klikneš na stav - tam uvidíš případně sekci k odstranění, nepotřebné (nebo tak nějak) - ty pak můžeš v klidu odstranit. Pokud není nic zbytečného sekce se neobjeví. V Synapticu máš zobrazené nainstalované "věci" - jsou to komplet programy včetně celého systému, tak pozor co odinstalováváš.
Potom v systému (v úvozovkách) zůstanou pouze nastavení ve tvém domovském adresáři (ctrl+h). Např. když jsi zmínil bluefish, pravděpodobně vytvoří skrytou složku v domovské složce s názvem .bluefish - tato složka zůstane i po odinstalování. To proto, že tam se ukládají tvá nastavení daného programu. V případě, že později nainstaluješ program a spustíš natáhne si nastavení z této složky. Pokud je problém a nebo pokud chceš program v defaultu nemusíš reinstalovat (většinou to je k ničemu) stačí smáznout skrytou složku - program si vytvoří svou novou čistou složku. Skryté složky a soubory, ale bezhlavě nemaž, jen to co víš co k čemu patří.
EDIT: Na ftp používám gnome commander, dříve i gftp.