U linuxových distribucí obecně nedochází k nějakému přílišnému zpomalení ani po delší době užívání, takže chyba bude patrně někde v nastavení - tj. "něco" jsi milému Ubuntu provedl. Můžou to být drobnosti a ani nemusí vypadat, že by měli mít co dočinění s výkonem. Nevinná položka v BIOS setupu, instalace nějakého programu... Můžeš se zkusit podívat na vytížení systému, seznam běžících procesů, jestli ti nějak "nevypadl" akcelerovaný ovladač grafické karty (třeba nv místo nvidia po použití rekonfigurace X Window)...
BTW ke zpomalení systému Windows dochází nejpozději do půl roku, pokud alespoň občas něco nastavíte/nainstalujete/odinstalujete/vypadne proud. Nedej bože, když použijete úžasný systém oficiálních nalepovacích aktualizací. Není moc instalací, které by vůbec přežili 2 roky.