Mám taky kartu ati 9600 xt a na čisté instalaci JJ mi 3D jede hned od počátku se svobodnými ovladači. Ten problém při upgradu byl nejspíš způsoben novější verzí xorgu, která se už chová jinak než u starších vydání.
Zkuste si spustit LiveCD Jaunty a uvidíte sám že bude vše bez problémů fungovat. Stejně tak i po tom co ho nainstalujete. Pokud budete provádět upgrade, provedl bych při prvním spuštění z nouzového režimu odinstalaci fglrx (pokud je) a také smazal xorg.conf. Po restartu by to mělo běžet.