Řekl bych, že to obecně není tak primitivní, jak to vypadá. Také záleží, jaké máš buntu.
V karmiku se momentálně mísí nejméně tři vrstvy spouštěcích skriptů: /etc/init (upstart), /etc/init.d (klasické runlevels) a gdm, keré spouští všechnu grafiku. Každý má svůj styl určování "pořadí", přičemž u gdm to snad ani ovlivnit nelze.
Také nepíšeš jaký to je skript, jestli ke svému běhu potřebuje grafiku. Tipl bych si ale, že nejlépe mu bude v /etc/gdm/PostLogin/Default. Pokud nepotřebuje grafiku, dal bych ho do /etc/rc.local.