A co kontrolovat zvášť web a zvlášť DB - předpokládáme, že když jede web i DB, pak se stránka zobrazuje korektně (a jestli ne, tak vyhodíme programátora..)
Web můžeš kontrolovat pomocí "HTTP status codes" (jak to přeložit do češtiny?) např. pomocí curl:
curl --write-out "%{http_code}\n" -o /dev/null <webova_stranka>
což vypíše 200 při úspěchu a jiné při chybách (viz.
http://www.w3.org/Protocols/HTTP/HTRESP.html)
A MySQL (nebo jinou DB) se bude kontrolovat třeba přístupem na nějakého uživatele bez jakýchkoliv práv: příhlásí se, pak můžem prohlásit, že DB jede. Nepřihlásí se, pak DB nejede.
Btw, nějak takto (ehm, v trošku komplexnější formě) funguje např. dohled pomocí Nagiosu.