Jak velké máte soubory s poštou? Najdete je v adresáři ~/.mozilla-thunderbird/název_profilu/Mail/název_učtu, jsou to soubory bez přípony, např. Inbox, Sent.
Zkuste v Thunderbirdu přeindexovat složky, klepněte pravým tlačítkem myši na složku, zvolte "Vlastnosti" a poté "Přeindexovat". A také proveďte údržbu složek (nabídka "Soubor/Provést údržbu složek").
Předtím ale doporučuji si zálohovat profil Thunderbirdu, protože pokud je problém v narušeném souboru s poštou, tak by údržba složky mohla zkázu dokonat.