Tak určitě to bezpečnostní riziko je, nevím jaká práva jsou k instalaci příslušného kódu potřeba, v některých mých instalačních skriptech používám bash, takže potřebuji mít právo na spouštění. Tak si na dobu instalace povolím spouštění souborů které potřebuji.
Nicméně v současné situaci kdy je čerstvá instalace a žádná důležitá služba neběží si mýslím, že to může vyzkoušet (případně s jiným právem 644 pokud si je jist nastavení vlastníků složky a uživatele apache). Případně by mohl být ještě zápis v nějakém logu (apache,..), jestli nechybí práva (podle nastavení apache).