Jedno z řešení. Třeba výchozí téma Ubuntu 10.04 Ambience nechává při nastavení průhlednosti Panelu pod většinou apletů původní pozadí. Stačí si ale zkopírovat složku s tématem z usr/share/themes do ~/.themes (to kvůli lepší manipulaci se soubory a neovlivní to ostatní uživatele) a ve složce ~/.themes/Ambience/gtk-2.0 smazat nebo přejmenovat soubor panel_bg.png. Pak je třeba znovu načíst téma, např. ho změnit na jiné a pak zpět.
Abych to ještě doplnil.. Pokud třeba budeš chtít původní panel poloprůhledný, je třeba upravit původní soubor panel_bg.png v Gimpu podle představ a vybrat si ho v nastavení panelu. Každopádně se nesmí jmenovat stejně, nebo se nesmí nacházet ve stejné složce, jako ten původní. Pokud ho téma najde, bude opět pod aplety cpát své pozadí.