Není potřeba něco odpojovat, nainstaluj si Linux na ten flash disk, instalátor samozřejmě zaregistruje oddíl kde je jiný systém (pevný disk) a přidá ho do GRUBu. V případě, že by to potom nešlo, stačí nabootovat do "recovery mode" a v terminálu roota spustit příkaz update-grub