K žádné fragmentaci nedojde. A to ani kdyby byl fragmentovaný ten oddíl, který se bude zmenšovat. Vytvoříš si totiž nový oddíl a ten bude zcela prázdný a v "továrním nastavení"; nebude přebírat vůbec nic z původního oddílu, který se tam předtím nacházel.
Windows musí být na prvním oddíle do verze XP. Ve verzi XP už to prý (někdy) jde i na jiném oddíle, ale prý se na to nedá spolehnout. Windows Vista i Windows 7 již na prvním oddílu být nemusí.