Hlavní rozdíl je v tom, že Debian má rolling updates, tj. že se do něj neustále a průběžně začleňují vyšlé updaty, kdežto Ubuntu je pravidelně po půl roce verzován a novinky jsou implementovány víceméně najednou. Druhá věc je, že Debian je taková základní distribuce se do které si nainstaluješ sám co potřebuješ.
Ještě tu pak existuje mnohokráte zmíněný LinuxMint který stojí na půl cesty mezi Ubuntu a Debianem. Mint původně vždy vycházel z Ubuntu s tím, že některé novinky z posledních verzí Ubuntu ignoroval (tlačítka vlevo, unity, výběr defaultních programů) + navíc některé věci řeší úplně po svém (např. Mint Menu nebo správce aktulizací). Používal vlastní repozitáře a k tomu repozitáře Ubuntu. Po poslední verzi Ubuntu už ovšem asi autoři pochopili, že cesty Ubuntu vedou zcela jiným směrem než který který si nalajnovali oni a vydali verzi která vychází přímo z Debianu. Situace je teď tedy taková, že si můžeš vybrat LinuxMint vycházející z Ubuntu (poznáš podle toho, že je verzován - aktuálně 11) nebo verzi postavenou na Debianu (čili verze LMDE). Obě tyto základní verze jsou distribuovány s klasickým Gnome2 (je i možnost verze s LXDE) a i když časem nejspíše přejdou na Gnome3, tak to nebude jen tak hned.
LMDE je postaveno na testing větvi Debianu, takže se tam může občas objevit nějaká drobná závada (nesoulad verzí nějakých knihoven např.) a asi by si to proto neměl instalovat člověk který má s Linuxem nulové zkušenosti.