Samozřejmě to lze. Perl, Python, PHP a nejspíš i JavaScript umějí zajisté volat něco jako příkiaz system. Moc se takové věci nepoužívají, protože se weby většinou nepíšou pro konkrétní server.
IMHO (ale nejsem nějaký webařský kmet) se to dřív dělalo mnohem víc. Ale je to jednoduché řešení (samozřejmě pozor na bezpečnost).
Dnes bych tipoval, že se takováto úloha přenechává nějakému mega frameworku, který umí vše, co potřebuješ (třeba vytvořit PDF).