VM běží jako každý jiný proces pod nějakým uživatelem, a jiný uživatel (kromě roota) s tím procesem logicky nemůže nic dělat.
Šlo by to obejít tak, že bys všem ve skupině vboxusers povolil spouštět VBoxManage (nebo gui VBoxu) jako root bez hesla. "man sudoers".
Nebo lépe, že bysis napsal script (který umožní jen definované akce start/stop/... VM), a ten spouštěl přes sudoers.