Možná jsi jen nepochopil, jak se se záložkami pracuje, přetahovat je tam nejde, to jen kopíruješ/přesouváš. Doporučil bych navštívit menu Záložky v Nautilovi. Část záložek, jako jsou Dokumenty, Obrázky, Hudba, .. se ukazují v sekci Počítač a jsou tam na pevno, i když je za záložek smažeš.