Trošku málo informací pro vyřešení problému - jaké grafické prostředí máš - Gnome Panel nebo Unity?
Podívej se taky jestli něco nebere 100% CPU (Sledování systému).
Pak můžeš zkusit toto:
sudo apt-get install cpufrequtils
sudo cpufreq-set -g userspace
sudo cpufreq-set -f 800Mhz (*)
* nahradíš za vlastní frekvenci