Problém je asi v kódování písma, Linux používá UTF8, kdežto ty titulky budou např. v ISO 8859-2, které se používá ve windows. Mělo by to jít změnit v tom přehrávači, nebo ty titluky otevřít nějakým textovým editorem a uložit s kódováním utf8, jestli mi rozumíš.