Tohle dělá Compiz (jako vždycky), který si moc nerozumí s ovladačem od Ati, ale jsi v Linuxu, takže si můžeš vybrat.
Buď použij Unity 2D (bez akcelerace) nebo doinstaluj GNOME panel, případně GNOME Shell a pracuj v nich (využívají Compiz minimálně).
Případně můžeš přejít na prostředí která mají vlastní Compozitor (KDE, Xfce, LXDE), ta můžeš vyzkoušet přímo ze systému, balíky kubuntu-desktop, lubuntu-desktop, xubuntu-desktop, pokud se rozhodneš pro jiné prostředí než GNOME, doporučuji nakonec doinstalovat přímo upravenou verzi Ubuntu s tímto prostředí, tedy Kubuntu, Xubuntu, Lubuntu