To záleží na tom, co si představuješ pod pojmem "nainstalovat ručně", pokud tím myslíš apt-get, tak ty to zobrazí, ale programy, které si sám zkompiluješ nebo nainstaluješ z deb balíčku (z bin/run instalačky) staženého odjinud, tak to ne, ukazuje to prostě jen věci z repozitářů.